در روز عمل، بیمار باید برای رفتن به اتاق عمل آماده شود. فشارخون و تنفس بیمار چک خواهد شد و ممکن است تزریق وریدی آنتی‌بیوتیک برای وی انجام گیرد. سپس بیمار را به اتاق عمل برده و روی تخت قرار می‌دهند. در طول عمل از بیهوشی عمومی برای بیمار استفاده می شود. سپس تیم جراحی، عمل کولکتومی را آغاز می‌کند. عمل جراحی کولون می تواند به دو صورت زیر انجام گیرد:
• کولکتومی باز. جراحی باز شامل ایجاد یک برش طولانی در شکم برای دسترسی به کولون است. در این روش برای جدا کردن کولون از بافت اطراف آن و بریدن بخشی از کولون یا تمام کولون از ابزار خاصی استفاده می‌شود.
• کولکتومی لاپاروسکوپیک. کولکتومی لاپاروسکوپیک (laparoscopic colectomy) که کولکتومی با حداقل تهاجم (minimally invasive colectomy) نیز نامیده می شود شامل ایجاد چند برش کوچک در شکم است. جراح یک دوربین ویدیویی ظریف را از طریق برش و ابزار خاص جراحی وارد شکم بیمار می‌کند. جراح روی یک صفحه‌ی ویدیویی در اتاق عمل پیشرفت کار آزادسازی کولون با این وسایل را از بافت اطراف مشاهده می‌کند. سپس کولون از طریق ایجاد برشی کوچک از شکم خارج می‌شود. این کار به جراح این امکان را می‌دهد تا عمل جراحی روی کولون را بیرون از شکم انجام دهد. وقتی ترمیم روی کولون انجام شد، جراح از راه برش، کولون را به درون حفره شکم در محل اصلی خود قرار می دهد.
نوع عملی که انجام می‌شود به وضعیت بیمار و مهارت جراح وابسته است. با انجام کولکتومی لاپاروسکوپیک درد و مدت زمان نقاهت بیمار کاهش می‌یابد. اما این نوع عمل برای تمام بیماران نمی تواند مناسب باشد. همچنین در برخی موارد ممکن است عمل جراحی با لاپاروسکوپی انجام شود ولی به علت شرایط موجود گروه جراحی تصمیم بگیرد عمل را با روش باز ادامه دهد. وقتی کولون ترمیم یا برداشته شد جراح دو سر دستگاه گوارش را مجدداً به هم وصل می‌کند تا دفع مدفوع از بدن امکان پذیر باشد. برای این کار می توان روش های زیر را به کار برد:
• وصل کردن مجدد بخش‌های باقیمانده کولون. در این روش جراح بخش‌های باقیمانده کولون را به هم بخیه کرده و چیزی را به وجود می‌آورد که آناستوموز (anastomosis) نامیده می‌شود و به این‌ترتیب مدفوع مانند گذشته از بدن دفع می‌شود.
• ارتباط دادن روده به منفذ ایجاد شده در شکم. ممکن است جراح، کولون یا روده‌ی‌کوچک را به منفذ ایجاد شده در شکم متصل کند، این موارد به ترتیب کولوستومی (colostomy) و ایلئوستومی (ileostomy) نامیده میشوند. این کار سبب می‌شود مواد دفعی از طریق این منفذ که استوما (stoma) نامیده می شود از بدن دفع گردد. درخارج استوما برای جمع‌آوری مدفوع یک کیسه قرار داده می شود. این کیسه ممکن است دائمی یا موقتی باشد.
• ارتباط دادن روده کوچک به مقعد. بعد از برداشتن کولون و رکتوم (پروکتوکولکتومی)، ممکن است جراح از یک بخش روده کوچک برای ایجاد یک کیسه استفاده کرده و آن را به مقعد متصل نماید (آناستوموز ایلئوآنال). با این کار دفع مدفوع می تواند به طور طبیعی انجام گیرد اما ممکن است دفع مدفوع چندین بار در روز و به صورت آبکی انجام شود. به عنوان بخشی از این روش، ممکن است بیمار ایلئوستومی موقتی شود.
پیش از انجام عمل جراحی پزشک در مورد این روش ها با بیمار صحبت خواهد کرد.
بعد از کولکتومی
بعد از اتمام عمل جراحی، تا زمان رفع اثرات بیهوشی، بیمار به اتاق ریکاوری منتقل می‌شود. سپس تا زمان بهبودی کامل، بیمار را به بخش منتقل می‌کنند. تا بازگشت کامل عملکرد طبیعی روده، بیمار در بیمارستان بستری خواهد بود. این زمان می تواند بین چند روز تا یک هفته متغیر باشد. در ابتدا ممکن است بیمار نتواند از غذای جامد استفاده کند. در ابتدا تغذیه مایع وریدی برای بیمار از راه ورید باز‌و انجام می شود و سپس رژیم مایع صاف برای وی تجویز می‌گردد. به تدریج با بهبود وضعیت روده، بیمار در نهایت خواهد توانست از غذای جامد استفاده کند.
در صورتی که در جراحی از کولوستومی یا ایلئوستومی استفاده شده باشد، آموزش‌های لازم برای مراقبت از استوما توسط پرستاران به بیمار داده خواهد شد و توضیحات لازم در خصوص نحوه تعویض کیسه استومی برای جمع‌آوری مدفوع در اختیار بیمار قرار خواهد گرفت.
بعد از ترخیص از بیمارستان تا زمان بهبودی کامل بیمار باید در منزل حدوداً به مدت دو هفته استراحت کند. بیمار ممکن است در ابتدا احساس ضعف داشته باشد ولی در نهایت می تواند توان قبلی خود را داشته باشد. بیمار باید در مورد زمان بازگشت به کار و فعالیت های عادی از پزشک خود سوال کند.