در خصوص ضایعه مغزی پیش از کسب اطلاعات کافی نمی توان به طور قطع در مورد علت آن بحث کرد. ضایعه مغزی می تواند در گذشته به وجود آمده باشد یا می تواند نشانه ای از یک وضعیت خوش خیم و حتی وضعیت جدی تری باشد. با وجود آزمایش های گسترده علت ضایعات مغزی هنوز ناشناخته مانده است.
از جمله علل احتمالی ضایعات مغزی شناخته شده عبارتند از:
- آنوریسم مغزی
- AVM مالفورماسیون شریانی مغز
- تومور مغزی
- آنسفالیت
- هیدروسفالی
- ام اس (MS)
- سکته مغزی
- آسیب های تروماتیک مغز